Sütte iki çeşit protein vardır, serum proteinleri ve kazein. Peynir kütlesini elde etmek için ihtiyacımız olan pıhtıyı kazein proteinini elde ederek sağlarız. Bunun için enzimatik pıhtılaşma, yani peynir mayası enzimleri ile pıhtılaştırma yapılır. Serum proteinleri de ısı ile pıhtılaşır, bu nedenle bazı peynir çeşitleri daha yüksek derecelerde pastörize edilir.

Sütü peynire işleme, sütü koagülatör ile pıhtılaştırmak ve lor yapmak da laktik kültürlerin ve enzimlerin sırasıyla eklenmesidir. Pıhtılaştırma işleminden sonra, peynir altı suyunun ayrılmasından sonra, pıhtılaştırıcıdaki enzimler ve starter tarafından ya da sütün kendi mikrobiyel yükü tarafından oluşturulan karmaşık biyokimyasal  reaksiyonlar yolu ile kendine özel bir peynir haline gelir, ve tüm peynirler bu açıdan tektir. Meydana gelen protein ve lipit bileşenlerindeki enzimatik dönüşümler, her bir peynir için spesifik ve sıralıdır ve o peynirin biricik olmasını sağlar. Bu nedenle kullanılan koagülantın tipi, peynirde oluşturduğumuz ekosistemin gelişiminden sorumludur.

Kaynağına göre endüstriyel peynir mayaları üç çeşittir

1.Mikrobiyel peynir mayaları; Mikroorganizmalardan direkt olarak elde edilen proteolitik enzimlerden oluşur.

2.Hayvansal peynir mayaları; Hayvan midesinin 4. kısmından alınan enzimin işlemlerden geçirilmesi ile elde edilir.

3.Gen transferi ile elde edilmiş peynir mayaları; Proteaz enzimi üretiminde görevli  genetik genetik materyalin belirli GRAS mikroorganizmalara aktaeılması sonucu, bu mikroorganizmaların ürettiği enzimine özdeş enzimlerden oluşan mayalardır.